Standardmäßig lassen sich Parallaxen nur als Hintergründe einstellen, also quasi "unter" der eigentlichen Map. Normalerweise lässt man die Stellen, wo eine Parallaxe anstelle der Map angezeigt werden beim mappen einfach frei, wie du es in deinem Editor-Screenshot auf der rechten Seite gemacht hast. Nur auf diesen freien Tiles wird die Parallaxe angezeigt, ansonsten liegt die Map darüber.
Was du machen möchtest, ist die Parallaxe "über" der Map anzuzeigen, wenn ich das richtig verstehe? Also, dass die Wolken über die Map ziehen? Das wird leider nur mit einem Plugin funktionieren.
Der Grund warum du die Wolken auf deinem Spiel-Screenshot nicht sehen kannst, ist tatsächlich, dass alle freien Tiles ingame schwarz angezeigt werden. Die Parallaxe darüber ist kaum sichtbar, weil sie, wie du richtig sagst, transparent ist. Über die Map kriegst du sie auf diese Art und Weise aber sowieso nicht, sondern nur über die unbelegten Tiles. Ein gutes Plugin um Layer über der Map anzuzeigen ist zum Beispiel Galvs MZ Layer Graphics (wobei diejenigen hier, die regelmäßig mit dem MZ arbeiten dir vielleicht noch andere empfehlen können).
Falls du ohne Plugins auskommen möchtest, Kojote hat hier ein ziemlich cooles Tutorial dazu gemacht, wie man Nebel (oder in deinem Fall Wolkenschatten) über die Karte ziehen lässt.
Ich hoffe, das hilft dir weiter und du ich hab nicht falsch verstanden, was du zu erreichen versucht hast 