Ich habs endlich hinbekommen. Das Bug saß vor dem Bildschirm. 
Naja, auch bissl verwirrend wie das Plugin genutzt wird. Unter 'Image File' wird kein Dateiname angegeben, sondern ein Stück Code.
Zur Erklärung:
Änderung eines Message Fensters
Erster Window Typ (Datei 'Window_Text'), einzutragen in den Parameter:
Window Name: Window_Message
Scene Name: Scene_Map
Image File: eval:CTB.WindowExMZ.customSkin("Window_Text", "Window_MapMessage")
Zweiter Window Typ (Datei 'Window_Text'), einzutragen in den Parameter:
Window Name: Window_Message
Scene Name: Scene_Map
Image File: eval:CTB.WindowExMZ.customSkin("Window", "Window_MapMessage")
Script Call für den ersten Window Typ:
CTB.WindowExMZ.customSkinValue["Window_MapMessage"] = "'Window_Text'"
Script Call für den zweiten Window Typ:
CTB.WindowExMZ.customSkinValue["Window_MapMessage"] = "'Window'"
Änderung der ChoiceList
Erster Window Typ (Datei 'Window_Text'), einzutragen in den Parameter:
Window Name: Window_ChoiceList
Scene Name: Scene_Map
Image File: eval:CTB.WindowExMZ.customSkin("Window_Text", "Window_ChoiceList")
Zweiter Window Typ (Datei 'Window_Text'), einzutragen in den Parameter:
Window Name: Window_ChoiceList
Scene Name: Scene_Map
Image File: eval:CTB.WindowExMZ.customSkin("Window", "Window_ChoiceList")
Script Call für den ersten Window Typ:
CTB.WindowExMZ.customSkinValue["Window_ChoiceList"] = "'Window_Text'"
Script Call für den zweiten Window Typ:
CTB.WindowExMZ.customSkinValue["Window_ChoiceList"] = "'Window'"